Il a été fondé en 1948 à Amsterdam lors de sa première assemblée générale. Mais sa gestation remonte bien savant : le mouvement œcuménique a pris forme notamment à la conférence mondiale de « Foi et Constitution » à Lausanne en 1927. 342 Eglises de toutes confessions et de 120 pays, à l’exception de l’Eglise catholique romaine, y sont représentées. La plupart des Eglises issues de la Réforme ainsi que les Eglises orthodoxes et d’autres Eglises indépendantes en font partie. Le COE s’implique dans la lutte contre les injustices et s’engage fortement pour la paix dans le monde, notamment au Proche Orient : Sur le plan théologique, il travaille activement au rapprochement des Eglises. Le COE est également fortement engagé dans le dialogue interreligieux. L’assemblée générale du COE se réunit tous les sept ans. C’est l’instance où se prennent les décisions importantes et se définissent les programmes à long terme.